论文查重时，格式确实有可能对结果产生一定影响，但这种影响通常不是决定性的。查重系统的基本原理，是对你提交的文本内容进行比对，而不是直接“看”论文的版式。不过，不同的文件格式，会影响系统读取你文本内容的方式，这就可能带来一些细微的差别。

最常见的情况是提交Word文档和PDF文档的区别。Word文档里的文字，系统可以直接提取出来进行比对，过程相对稳定。而PDF文件更像一张“图片”，系统需要先通过技术识别里面的文字。如果PDF生成时质量不高，比如是扫描件，或者用了特殊字体，系统就可能认错字、漏掉字，甚至把一些公式、图表里的符号识别成乱码。这些被误识别出来的乱码，有时候会莫名其妙地和资料库里的某些内容“撞上”，导致不该被标红的地方被标红，无端拉高重复率。

除了文件格式，论文内容的具体排版方式也可能带来干扰。比如：

参考文献列表：如果格式规范，大部分正规查重系统都能识别并排除这部分。但如果你格式很乱，系统可能把它当成正文一起比对了，那你的重复率就会显得很高。

目录、页眉页脚：这些地方如果包含了大量来自标题的重复文字，有时也可能被计入比对。

特殊的文字内容：比如表格里的数字、软件生成的代码等，在格式转换时容易出错，也可能影响文本提取的准确性。

所以，虽然论文的核心内容才是查重系统关注的重点，但提交的格式相当于一个“包装”。这个包装如果太“花哨”或者不标准，就可能给系统读取内容制造一点小麻烦，间接影响结果的准确性。

为了保证结果最贴近真实情况，给你几个小建议：

看清学校或期刊的要求。他们指定哪种格式（通常是Word的.doc或.docx），就用哪种，这是最稳妥的。

如果允许，优先用Word格式。这能最大程度避免因文字提取出错带来的问题。

提交前务必检查。检查格式是否工整，尤其是参考文献部分。可以先把论文在文档里通篇“全选”，看看有没有不该有的隐藏符号或乱码。

理解查重报告。拿到报告后，除了看总重复率，也要仔细看哪些部分被标红。如果发现目录、参考文献这种明显不该重复的地方被标红，很可能就是格式问题导致的，可以调整后再次查重确认。